清晰的导航系统是网站设计的重要目标，对网站信息架构，用户体验影响重大。因此SEO因素也越来越成为导航设计时需要考虑的因素之一，站在用户角度上看，方圆网络认为，网站导航系统需要解决两个问题。一是 我现在在哪里？用户可能从任何一个内页进入网站，有时候从首页进入，优势从其它地方链接进来，导航系统需要清楚的告诉用户现在处在哪个地方。二是 下一步要去哪里？有时候用户忘记自己想做什么，页面导航设计诶就要清楚的告诉用户需要点击哪里才可以完成他的目标。
站在SEO的角度，网站导航系统应注意以下几点：
1.文字导航
尽量使用最普通的HTML文字导航，不要使用图片作为导航链接，更不要使用JavaScript生成导航系统，也不要使用flash做导航。CSS也可以设计出很好的视觉效果，如背景，文字颜色变化，下来菜单等。
2.锚文字包含关键词。
导航系统中的链接通常都是分类页面获得内部链接的最主要来源，数据巨大，对目标页面的相关性有很大的影响，因此分类名称应尽量使用目标关键词，当然首页要估计用户体验，不要堆积关键词。
3.点击距离及扁平化
良好的导航目标之一是使所有页面与首页点击距离越近越好。权重普通的网站，内页离首页不要超过四五次的点击，所以主导航的页面越多，网站越扁平化。但深圳网站建设认为用户体验和页面链接总数都不允许主导航中有太多链接，SEO站长需要在网站规模，用户体验中做平衡。
4.避免页脚堆积
随着SEO被更多的站长认识，近几年有一种在页脚堆积富含关键词的分类页面链接倾向。两三年前这种做法还有不错的效果，但是近来搜索引擎比较反感这种做法，常常造成某种形式的惩罚。
5.面包屑导航
面包屑导航对用户和搜索引擎来说，是判断页面在网站整个结构中的位置的最好方法。正确使用面包屑导航的网站通常都是架构比较清晰的网站，强烈建议使用，尤其是大中型网站。